Địa giới hành chính phường Yên Sở:

• Đông giáp phường Trần Phú, quận Hoàng Mai và xã Văn Đức, huyện Gia Lâm (sông Hồng là ranh giới)
• Tây giáp phường Hoàng Liệt
• Nam giáp xã Yên Mỹ, huyện Thanh Trì
• Bắc giáp các phường Thịnh Liệt, Hoàng Văn Thụ, Vĩnh Hưng, Lĩnh Nam.

Đây là phường có vị trí quan trọng là cửa ngõ phía Nam thành phố, nơi các mối giao thông huyết mạch đi qua. Tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ,đường vành đai 3 dẫn lên cầu Thanh Trì đều đi qua địa bàn phường.

Do vị trí nằm ở phía Nam của thành phố, ở địa hình vùng trũng, một loạt các sông quan trọng như sông Hồng, sông Tô Lịch, sông Kim Ngưu, sông Sét đều chảy qua địa bàn phường nên mặc nhiên Yên Sở là nơi tối quan trọng cho việc thoát nước, chống ngập úng của thành phố Hà Nội. Nhà máy xử lý nước thải Yên Sở nằm ở phường này.